消毒剂的选择：用于扫描室和产品的清洁和消毒技术必须符合所有适用的当地法律或法规。
扫描室地面消毒
用于发热病人检查的扫描室地面，使用2000mg/L的含氯消毒液消毒。普通检查室可用250~500mg/L的含氯消毒液消毒，有肉眼可见污染物时应先使用一次性吸水材料完全清除污染物后再消毒，每天至少2次，遇污染时随时消毒。
扫描室空气消毒
对检查过疑似患者和确诊患者的扫描间每天进行终末消毒，建议使用空气循环消毒机进行消毒，操作中可进行持续消毒。也可以使用紫外线灯照射消毒，使用紫外线灯照射消毒必须在无人状态下进行，建议每次60分钟，每日3次。
不建议使用喷雾消毒，无可避免时可以终末使用过氧化氢空气消毒机喷雾消毒，在进行喷雾消毒前，必须关闭设备电源并等待设备冷却后，使用干净的塑料布对CT设备进行密封覆盖后，再对机房进行喷雾消毒，在消毒喷雾完全消散后才可拆下密封塑料布，操作者需确保在消毒喷雾完全消散后方可打开设备电源。
CT设备消毒
对设备进行清洁和消毒前，必须关闭设备电源。为了提高消毒效果，消毒前应先清洁设备表面污垢。清洁设备表面必须使用中性的清洁剂（肥皂和水），乙醇和有机清洁剂等高强度的清洁剂具有较大的腐蚀性和溶解性，会损害设备表面并降低设备结构强度。清洁可使用经过清洁剂浸泡过的无绒布拧干后擦拭产品，不要让液体流入CT产品外罩（外壳）内，擦净后使用无绒软布擦干或通风晾干。
设备消毒的区域包括：扫描架、患者支架、附件、主控台等区域。设备消毒时应快速轻轻擦拭设备表面，不要反复、用力擦拭一个区域，避免损坏设备表面，同时要避开金属及LOGO区域。
发热门诊首选2000mg/L的含氯消毒液擦拭消毒，不耐腐蚀的区域使用75%的乙醇擦拭消毒，每个病人做完检查后执行消毒。普通机房设备可用250~500mg/L的含氯消毒液擦拭消毒，或使用含醇的一次性消毒湿巾擦拭消毒。使用含氯消毒剂时，消毒完成后还需要使用软布蘸取清洁的水，将设备表面残留的含氯消毒剂清洁干净，然后自然晾干或者使用干燥的软布擦干。使用酒精擦拭表面消毒时，自然晾干表面。消毒及清洁时不要让液体流入CT产品外罩（外壳）内。